Училището е създадено в Русе през 1881 г. със заповед на военния министър под името Морско училище. Така се превръща в първото техническо учебно заведение в България.
Първите специалности са били машинисти и огняри за новосъздадената през 1879 г. Дунавска военна флотилия. Впоследствие името му се променя на "Машинна школа" и на "Техническа школа", от 1892 г. е Морска унтер-офицерска школа при флотилията и морската част.
През 1900 г. училището е преместено във Варна и се преименува на "Машинно училище при флота във Варна".
През 1968 г. основният корпус на комплекса, помещаван и днес, е надстроен с един етаж. От 1991 г. названието му е "Висше военноморско училище "Н. Й. Вапцаров"". През 2000 г. ВВМУ е вписано в "Белия списък" на IMO като висше училище с одобрено морско образование, съгласно конвенцията STCW 78/95. През 2001 г. с решение на Националната агенция за оценяване и акредитация към МС получава пълна акредитация като висше училище, в съответствие с новоприетия Закон за висшето образование. През 2000 г. получава сертификат за качество ICO 9002.4 по специалността "Корабоводене" от Лойд регистър, а през 2004 г. - ISO 9001-2000 за всички специалности.
Цели на университета
- Първата цел е - подготовката на морски командни кадри с висше образование на световно равнище;
- Втората цел е - водещата роля на училището в решаването на научните задачи, възникващи пред ВМС и българското морско стопанство;
- Третата цел е - повишаване на ефикасността и ефективността във всички сфери на дейностите, осъществени в училището.
Мисията и целите на учебното заведение са синхронизирани с националните стратегически задачи. Още с основаването си, универсетът поставя традиция в подготовката на морски технически кадри.
Специалности в университета
- Корабоводене;
- Корабни машини и механизми;
- Електрообзавеждане на кораба;
- Корабна радиоелектроника;
- Експлоатация на флота и пристанища;
- Технология на кораборемонта;
- Речно корабоплаване;
- Океанско инженерство;
- Мениджмънт на водния транспорт;
- Информационни и комуникационни технологии в морската индустрия.