Характерна с планинския си климат, Рила представлява най-високата планина на целия Балкански полуостров, чиято средна надморска височина е 1487 метра. Най-високата точка е връх Мусала (2925 метра). Планината има сравнително куполоообразна форма, а в състава ѝ влизат множество минерали като гранит и гнайс.
Рила дължи типичния си алпийски релеф на ледниковата дейност приблизително 12 хиляди години назад в миналото. Формиралите се ледници допринесли за образуването на колосални циркуси или така наречените дълбоки вдлъбнатини с отвор от едната страна. Едно от най-ценните богатства на Рила са нейните езера. Останали като наследство от ледниковия период, общият брой на Рилските езера надхвърля 190 като Горно Полежанско езера попада сред най-високите въобще на Балканите.
Ледниковото езеро Окото представлява най-дълбокото, а за най-забележително по отношение на площта си е Смрадливото езеро.
Рила още се отличава с горскорастителния си пояс, който обхваща най-високите етажи на планината, където надморската височина попада в границите 2000-2500 метра. По отношение на почвената особеност, в планината се срещат тъмноцветни (планинско-горски), разпростиращи се от средния пояс, продължавайки своето разпространение до подпоясите на алпийските пасища и клека.
В Рила планина още се срещат кафяво-горски, както и планинско-ливадни почви.
Планината се счита за едно от най-значимите водосборища не само за околията, но и за части от гръцкото и турското население. Освен това, приблизително 10 % от ресурсите на реките Места и Струма се образуват именно на нейна територия.
Националният парк Рила може да се похвали с богатия си растителен и животински свят - над 1400 растения се срещат в планината като едва 1/50 от тях биват защитени от закона. В планината могат също да се видят приблизително 200 вида гръбначни животни, повече от 3000 безгръбначни, над 100 вида сладководни водорасли, приблизително 90 вида птици и така нататък.