Същестуват многобройни начини за замърсяване на обектите на околната среда с пестициди. За да се избегне попадането на наднормено количество от препаратите в районите на третираните обекти, са създадени санитарни правила, които са свързани с нормирането на препаратите, с осигуряването на безопасна работа с тях. Те са събрани в конкретни инструкции и указания. С предпазването на външната среда от замърсяване с пестициди е пряко свързана и профилактиката на отравянията с тях. Те са неделими от осъществяването на предварителния и текущия санитарен надзор, провеждан от здравните органи. За правилното съблюдаване на санитарнита правила важна роля играе здравната култура и професионалната подготовка на работещите с пестициди - агрономи, механизатори, работници от групите по растителна защита и членовете на дезотрядите към АПК. След предварителен медицински преглед работниците от последните две групи подлежат на задължителен инструктаж, който се извършва от лекар и от агроном по растителна защита.
Трябва да се обръща специално внимание, кои начини най-бързо, често и задълго замърсяват с пестициди обектите на околната среда.
При пръскане и прашене се замърсяват въздухът, водата и най-много почвата. При прашене твърдите пестицидни частици се задържат по растенияа и в почвата за по-дълго време, отколкото ако препаратът се употреби като разтвор чрез пръскане, защото разтворите са по-нетрайни. Затова в растителната защита се предпочита третирането с разтвори. Освен това трябва да се подбират такива средства, които имат силен ефект спрямо вредителите, а са сравнително безопасни за хората, животните, дивеча и другите полезни животни и насекоми. Трябва също да се избират препарати, които имат кратък период на полуразпад, които са слабо токсични и не се натрупват в околната среда и организма.
За да се избегне прекомерното натрупване на пестициди в почвата, трябва да се води строга отчетност на препаратите, с които е проведено третирането, сроковете и количеството на употребените средства. При прилагането на средствата за растителна защита важно е те да се използват в минимални концентрации, а да се постига максимален изтребителен ефект спрямо вредителите. Затова трябва да се познават не само специфичните особености на препаратите и полезните им качества, но и да се използват максимално възможностите на растителнозащитната техника - самолети от селскостопанската авиация, аерозолни генератори, машини и апарати за малообемно третиране. Най-бързо и ефикасно е прилагането на препаратите със самолети и аерозолни наземни генератори, но тогава има и най-голямата възможност за замърсяване на обширни пространства от въздуха, почвата и водата. Пръскането и прашенето със самолети се извършва на определено, ниско разстояние от земята, като напоследък се препоръчва то да става на отделни ивици, без да се обхваща цялата площ. За да се избегне по-обширно замърсяване, някои специалисти препоръчват то да се извършва на определени гнезда или полоси. Забранено е това пръскане и прашене да се извършва на по-малко от 300 метра от жилищни сгради, парков еи градини. За опазване на водите от замърсяване трябва да се знае, че е забранено да се пръскат и стръмните склонове, които стигат до водоеми, тъй като оточните води при дъждове се спускат към тях и ги замърсяват. При крайна необходимост, ако са нападните от вредители и се налага да се третират, в подножието на склоновете се правят канали, които да отвеждат отточните води встрани от водоемите. Машините за пръскане и прашене, съдовете, в които са приготвяни разтворите и смесите от препарати, както и специалното работно облекло не трябва да се измиват или изпират във водите и реките на язовирите. Около кладенците се издигат на известна височина прегради и на няколко метра около тях мястото се уплътнява и се прави циментова площадка с наклон, обратен на водоизточника. При замърсяване на кладенци и водоизточници с хлорорганични средства неутрализирането им се извършва с активен въглен и дребнозърнест пясък. Ако препаратите а от групата на медните средства, водоемите се третират с варно мляко. Тези методи са подходящи, разбира се, при малки водоизточници. С. Найштен е установил, че най-подходящият начин да се неутрализират води, замърсени с фосфорорганични съединения е, като се съхраняват в определени за случая места и се задържат 30 дни. За опазване на водите има значение и строгият санитарен контрол. При него се вземат предвид състоянието наводите, качеството, вкусът, миризмата и промените на цвета им. Трябва да се отчита и концентрацията на отделните препарати във водите. При определяне концентрацията на пестицидите във водите е необходимо същевременно да се установи и коя група от тях преобладава. Сега изключително много се държи да няма замърсяване с хлорорганични и фосфорорганични препарати.