Тази част от нервната система, която контролира вегетативните функции на тялото, каквито са кръвообращението, чревната активност, секрецията и продукцията на химически "пратеници" хормони, които циркулират в кръвта. Системата се подразделя на симпатикова и парасимпатикова нервна система. Всяка една от тях се контролира от зони в централната нервна система, които се намират в главния мозък (или) и гръбначния мозък и са свързани с органие чрез неволевия контролна нервите. Изтичането на нервни импулси от автономните центрове не е под пряк съзнателен контрол, въпреки че то може да бъде повлияно от умишленото релаксиране или месдитацията на организма. Двете подразделения на вегетативната нервна система имат противоположни ефекти: парасимпатиковият нервус вагус забавя сърдечната дейност, докато симпатиковите нерви я учестяват. Симпатиковата нервна активност се повишава при страх, предизвиквайки учестена сърдечна дейност, повишено кръво налягане и повишена готовност за действие на тялото, изразена с подобрен кръвен ток към мускулите и повишение на енергийната продукция на тялото.