Някои органични съединения са нестабилни при температурата си на кипене. Затова дестилацията им трябва да се извърши при по-ниски температури. Това е възможно чрез дестилация с водна пара за вещества, котио са трудно разтворими.
Веществата трябва да са химически инертни спрямо водата. Този начин има широко приложение в промишлеността.
Този вид дестилация се основава на закона на Далтон, според който общото налягане на ненаситените пари на две несмесващи се течности е равна на сумата от парниковите налягания. При кипене налягането се изравнява с атмосферното налягане.
Температурата на кипене на сместа е по-ниска от температурата на кипене на което и да е от дадените вещества. Съставът на дестилата е еднакъв със състава на парите.
Отделената пара се произвежда в отделен съд, който се нагрява на котлон или нагревател, монтиран под него. Съдътсе запълва до 2/3 от обема си с вода и в отвора му се поставя дълга стъклена тръба.
Дестилирането продължава, докато в приемника започне да се събира чиста вода. Спирането на дестилацията става като най-напред се прекъсва притокът на пара в колбата чрез изваждане на паропроизводителната тръба. След това се прекратява нагряването му.
Дестилацията с водна пара на по-леснолетливи вещества може да се осъществи в обикновена апаратура за дестилация, като в дестилационната колба веществово се смесва с вода, която е източникът на водна пара.